Добрый день.
Конечно же, делать склеротерапию оставшихся варикозных вен не только можно, но и нужно, чтобы в дальнейшем в них тоже не произошел тромбоз. 
А вот после сеанса склеротерапии болевых ощущений быть не должно. Если появляется боль, то скорее всего, что-то пошло не так. И Вам необходимо срочно обратится к своему лечащему врачу. Удачи.
С уважением, Артем Юрьевич.